101 hasil
Menampilkan 1–20 · 0,03 detik · RSS
Journal of Bioinformatics and Genomics
ISSN 2530-1381 · Cifra Publishing House · 101 artikel di indeks
-
Artikel Jurnal
METABOLOMIC MODELING OF BIOLOGICAL AGE AND AGE ACCELERATION USING REGULARIZED MACHINE LEARNING
Biological aging is a complex and highly individual process that cannot be fully explained by chronological age alone. Plasma metabolomic profiles reflect the current physiological state of the body and may serve as informative biomarkers of biological aging. In this study, we developed and…
-
Artikel Jurnal
АДАПТИВНЫЕ ВОЗМОЖНОСТИ МОЛОДИ БЕСТЕРА (HUSO HUSO × ACIPENSER RUTHENUS) В УСЛОВИЯХ АГРЕССИВНОЙ СРЕДЫ АКВАКУЛЬТУРЫ
Проведены исследования по выявлению наиболее жизнеспособных рыб с целью разработки системы показателей молоди рыб, определяющих ее адаптивную возможность в аквакультуре. Использовался метод функциональной нагрузки. В качестве стресс-фактора применялся дефицит кислорода. Экспериментальные данные по…
-
Artikel Jurnal
СИСТЕМЫ ПОДДЕРЖКИ ПРИНЯТИЯ КЛИНИЧЕСКИХ РЕШЕНИЙ — ИСТОРИЯ, РАЗВИТИЕ, ПЕРСПЕКТИВЫ
В условиях глобальной цифровизации здравоохранения системы поддержки принятия клинических решений (CDSS — Clinical Decision Support Systems) приобретают ключевое значение для повышения качества и безопасности оказываемых медицинских услуг. CDSS предназначены для оказания помощи медицинским…
-
Artikel Jurnal
INTEGRATING GENETIC RISK FACTORS AND DRUG-ASSOCIATED GENES IN BIPOLAR DISORDER THERAPY: A BIOINFORMATICS AND SYSTEMS-PHARMACOLOGY PATHWAY ANALYSIS
Bipolar disorder (BD) is highly heritable and clinically heterogeneous. Large genomic studies have identified many risk loci, but their relationship to the molecular actions of current medications remains incompletely characterized.Objective: to assess biological relatedness between BD genetic risk…
-
Artikel Jurnal
ВЛИЯНИЕ УЧЁТА ЭЛЕКТРИЧЕСКОГО ЗАРЯДА АТОМОВ НА ТОЧНОСТЬ ПРЕДСКАЗАНИЯ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ Т-КЛЕТОЧНЫХ РЕЦЕПТОРОВ С ЭПИТОПАМИ ПРОГРАММОЙ MULTIPASS
Цель: оценить влияние учёта электрического заряда атомов аминокислотных остатков пептидов на точность моделей связи «структура-активность» (SAR, structure-activity relationships) и расширить спектр прогнозируемых активностей разработанного ранее веб-сервиса TCR-Pred для предсказания взаимодействия…
-
Artikel Jurnal
СВЯЗЬ АКТИВНОСТИ СОЛНЦА И ДЫМА ЛЕСНЫХ ПОЖАРОВ С ЧАСТОТОЙ САРКОМ СКЕЛЕТА В РОССИИ
Саркомы скелета представляют собой значительную общественную проблему в связи с высокой частотой летальности и инвалидизации, при этом их этиопатогенез недостаточно изучен. Выявление причин и механизмов возникновения сарком скелета необходимо для разработки эффективных методов профилактики. Цель…
-
Artikel Jurnal
OXFORD NANOPORE ADAPTIVE SAMPLING: MECHANISMS, COMPARATIVE EFFICACY, AND CLINICAL IMPLICATIONS OF SOFTWARE-DIRECTED TARGETED SEQUENCING
Adaptive Sampling (AS) is a software-directed enrichment strategy unique to Oxford Nanopore Technologies (ONT) that enables real-time target selection by dynamically reversing nanopore voltage to eject non-target molecules. This review critically evaluates the mechanisms, enrichment performance…
-
Artikel Jurnal
АНТИФАГОВЫЙ ИММУНИТЕТ МЕДЛЕННОРАСТУЩИХ КЛУБЕНЬКОВЫХ БАКТЕРИЙ РОДА BRADYRHIZOBIUM: БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ И ХАРАКТЕРИСТИКА
Клубеньковые бактерии рода Bradyrhizobium — важнейшие симбионты бобовых растений, обеспечивающие биологическую фиксацию азота. Получение фагоустойчивых штаммов — один из путей повышения эффективности применения микробиологических препаратов. В настоящей работе проведён биоинформатический анализ…
-
Artikel Jurnal
ХАРАКТЕРИСТИКА ГЕНЕТИЧЕСКОГО ПРОФИЛЯ ЭВЕНСКОЙ ПОРОДЫ ДОМАШНИХ СЕВЕРНЫХ ОЛЕНЕЙ
В статье представлена характеристика популяционно-генетической структуры эвенской породы домашних северных оленей с использованием 16 микросателлитных локусов ДНК. Анализ данных проводили в средах Microsoft Excel (GeneAlex 6.51) и R, генетическая кластеризация проведена в программе STRUCTURE…
-
Artikel Jurnal
CLINICAL WHOLE GENOME SEQUENCING ON MGI DNBSEQ-T7 AND DNBSEQ-G400 PLATFORMS: LOW-PASS, STANDARD, AND DEEP WGS APPLICATIONS
Background. Whole genome sequencing (WGS) has evolved into a comprehensive diagnostic approach capable of supporting clinical needs spanning reproductive medicine, pediatrics, oncology, infectious disease and population genomics. Although Illumina platforms still dominate clinical sequencing, the…
-
Artikel Jurnal
WHOLE GENOME SEQUENCING (WGS) WITH PACBIO HIFI: A COMPREHENSIVE FRAMEWORK FOR CLINICAL APPLICATIONS IN SOUTHEAST ASIA
Background: although short-read whole-genome sequencing has become the clinical standard, important genomic regions including structural variants, tandem repeat expansions, segmental duplications, and complex pharmacogenomic loci remain difficult to resolve. PacBio HiFi sequencing offers highly…
-
Artikel Jurnal
AN AI-ASSISTED PIPELINE TO MODEL AND ANALYZE GENE REGULATORY NETWORKS
This project combines Generative AI and Logic AI to form an integrated process, a pipeline, that retrieves large volumes of scientific information and produces logical models that can be validated and leveraged by human experts. Our goals are to organize and to analyze, with the assistance of AI…
-
Artikel Jurnal
AGE-ASSOCIATED VARIABILITY OF CIRCULATING FREE DNA CHARACTERISTICS: GENOME-WIDE ANALYSIS
The fragments of circulating free DNA (cfDNA) found in plasma are formed due to the genomic DNA degradation during cellular death. The present study is the first research of age-associated variability of cfDNA characteristics performed on the group of apparently healthy subjects from Russian…
-
Artikel Jurnal
АНАЛИЗ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ЭКСПРЕССИИ DREB- И АУКСИН-ЗАВИСИМЫХ ГЕНОВ У QUERCUS ROBUR L. В УСЛОВИЯХ ЗАСУХИ
Факторы транскрипции семейства DREB (Dehydration-Responsive Element Binding) и ауксин-зависимые гены являются ключевыми регуляторами, координирующими адаптивные реакции растений на абиотические стрессы, включая засуху. Ввиду того, что геном Quercus robur L. (дуб черешчатый) секвенирован…
-
Artikel Jurnal
IN SILICO MONTE CARLO KINETIC MODELLING OF CURCUMIN-MEDIATED AFLATOXIN M1 REDUCTION IN MILK
Aflatoxin M1 (AFM1) is a thermostable carcinogenic mycotoxin excreted in the milk of lactating animals following ingestion of aflatoxin B1-contaminated feed. Its global prevalence in dairy products continues to exceed regulatory limits in many regions. Curcumin, a lipophilic polyphenol from Curcuma…
-
Artikel Jurnal
АНАЛИЗ МОЛЕКУЛЯРНЫХ И КЛЕТОЧНЫХ СТРАТЕГИЙ АНТИБИОТИКОРЕЗИСТЕНТНОСТИ БАКТЕРИЙ
Появление антимикробных средств, их коммерческое распространение и регулярное использование в лечении инфекций привели к революционным изменениям в медицине, перевернув существовавшие представления о терапевтических методах. Однако интенсивное использование антибиотиков спровоцировало быстрое…
-
Artikel Jurnal
BMCS: A COMPARATIVE EVALUATION OF SUBTRACTIVE VS. DAMPED SCORING FRAMEWORKS FOR GENOMIC SEQUENCE VALIDATION USING POSITIONAL VARIANCE
Traditional alignment algorithms, such as BLAST, rely on linear, additive scoring systems that reward sequence length but fail to penalize global structural collapse. This leads to the misannotation of pseudogenes as functional orthologs in automated pipelines. We introduce the Biological Match…
-
Artikel Jurnal
EXPLAINABLE AND SECURE ARTIFICIAL INTELLIGENCE FRAMEWORKS FOR CRISPR GENOMICS: ADVANCES, LIMITATIONS, SIMULATION SYSTEMS, AND BLOCKCHAIN-ENABLED TRANSLATIONAL INTEGRATION
Artificial intelligence (AI) has significantly accelerated CRISPR-Cas genome editing by improving guide RNA (gRNA) design, off-target prediction, DNA repair outcome estimation, and prime-editing optimization. However, current CRISPR computational ecosystems remain fragmented, with predictive AI…
-
Artikel Jurnal
ПРИМЕР ЦЕЛЕВОГО ПОДХОДА К РАСПОЗНАВАНИЮ РОДА КОРОНАВИРУСОВ С ПОМОЩЬЮ МЕТОДА ГЛАВНЫХ КОМПОНЕНТ
На примере распознавания рода коронавирусов представлен оригинальный подход к определению таксономии вирусов в метагеномных исследованиях. Подход относится к целевым (таргетным) методам по распознаванию вирусов на основе частот кодонов в N-гене белка нуклеокапсида. Используемый подход основан на…
-
Artikel Jurnal
DUAL DECONVOLUTION OF CANINE MAMMARY TUMORS REVEALS ROBUST CD4⁺ T CELL ENRICHMENT VIA EPIC AND CIBERSORTX
Canine mammary tumors (CMTs) are an excellent model for human breast cancer because of their spontaneous origin and immunological similarity. This study applied dual immune deconvolution — EPIC and CIBERSORTx — to bulk RNA-seq data (GSE136197) from 48 tumor and normal canine mammary samples to…